Il Dottorato di ricerca in Filosofia è un dottorato unitario che accoglie in sé tutte le discipline filosofiche costitutive, sia dell'ambito storico-filosofico (Storia della filosofia antica, tardoantica, medioevale, moderna e contemporanea), sia dell'ambito teoretico (Filosofia teoretica, Filosofia morale, Bioetica, Estetica, Filosofia della scienza, Filosofia del linguaggio). Accoglie inoltre le discipline dell'ambito letterario-linguistico di interesse strutturale per la ricerca filosofica (Letteratura Greca, Letteratura Latina, Letteratura Tedesca).
Il Dottorato intende caratterizzarsi su tre linee di studio e di ricerca principali: a] studio e analisi dei classici della storia del pensiero, dall'Antichità al periodo contemporaneo; b] preparazione alla ricerca in campo storico-filosofico e teoretico c] preparazione all'edizione critica, alla traduzione e all'edizione commentata di opere e testi filosofici, con particolare attenzione per testi attualmente non disponibili in traduzione o edizione italiane. Ciò premesso, il Dottorato si propone un obiettivo formativo prioritario:
1] garantire un'alta formazione teorica, storica e storiografica intorno ai problemi fondamentali della storia del pensiero, in una visione nella quale il patrimonio della tradizione filosofica antica e classica vale a sostenere, integrare e arricchire lo spessore e la consapevolezza del dibattito filosofico contemporaneo. In questa prospettiva, la filosofia è concepita come forma di pensiero e summa di conoscenze costitutive dell'identità culturale del mondo occidentale, necessaria sia per promuovere su base razionale il senso più profondo dell'appartenza a quel mondo, sia per dialogare e interagire proficuamente con interlocutori provenienti da altre tradizioni culturali, rispetto alle quali la filosofia è, da sempre, elemento comune e unificante pur nella varietà e diversità delle formulazioni. In questo modo, l'approfondimento storico e storiografico delle principali questioni teoriche che sono alla base dell'attuale dibattito intorno a una possibile (e auspicabile) definizione dell'dentità europea si connette con un secondo obiettivo:
2] confrontare e valorizzare memoria e storia delle molteplici tradizioni non solo nazionali ma più propriamente transnazionali ed epocali: eredità greca e classica, eredità tardoantica e medioevale, eredità giudaico-cristiana, eredità della prima modernità e della tradizione illuministica, eredità delle varie rivoluzioni scientifiche e del pensiero contemporaneo, visto anche come sede di confronto tra forme di sapere e discipline diverse. Queste vanno dalla psicologia alla filosofia della matematica all'ermeneutica all'economia e alla teoria politica, fino agli esiti più recenti della filosofia del dialogo, dell'agire comunicazionale, della riflessione sull'etica della vita, dell'interazione tra tecnica, scienza e arte. In questo modo il Dottorato intende rispondere anche alle richieste di giovani laureati che in forma sempre più pressante sono sollecitati a prestare attenzione alle questioni più spinose e dibattute del mondo contemporaneo . E poiché, per tradizione, il Dottorato di ricerca in Filosofia del nostro Ateneo è in non secondaria misura rivolto anche a giovani professori della scuola secondaria, inferiore e soprattutto superiore, e ciò in opportuna sinergia con un Master di II livello in Filosofia rivolto a professori liceali di tale disciplina da varii anni attivo nella Facoltà di Lettere e Filosofia, discende da qui un terzo obiettivo:
3] formare, non solo sul piano dell'attività di ricerca, ma anche su quello della didattica, una fascia di docenti di materie trainanti (Filosofia e Storia nei Licei, Filosofia e Scienze umane in altri Istituti, ecc.) dotati di profilo culturale e scientifico particolarmente elevato.

Posti questi obiettivi formativi, le figure professionali che il Dottorato si propone di formale conseguono coerentemente: a) ricercatori e studiosi di discipline filosofiche; b) curatori di edizioni critiche, edizioni commentate e traduzione di testi filosofici e letterari; c) pubblicisti e operatori culturali per i quali sia richiesta capacità di argomentazione e concettualizzazione di problemi storiografici, teorici, critici; d) consulenti editoriali e direttori di collane nell'editoria soprattutto specializzata; e) docenti di formazione culturale specialistica.
Alla concreta realizzazione degli obiettivi formativi indicati concorrono anche i rapporti di collaborazione che il Dottorato intrattiene, sia per quanto attiene ai docenti e ai membri del Collegio Docenti, sia per quanto attiene ai dottorandi, con una serie di Istituzioni, nazionali e internazionali, tra le quali si citano: 1. Interfakultäres Centrum für Ethik der Wissenschaften dell'Università di Tübingen (responsabile: dott. Anselmo Aportone); 2. Archives Husserl di Parigi (responsabile: prof. Jocelyn Benoist); 3. Husserl Archiv di Lovanio (responsabile: prof. Gianna Gigliotti); 4. Istituto Lessico Intellettuale Europeo e Storia del Pensiero, Sezione di Filosofia Antica, CNR, Roma (responsabile: prof. Aldo Brancacci); 5. Centre de recherche de philosophie antique "Léon Robin", Parigi (responsabile: prof. Aldo Brancacci); 6. Università di Paris-Sorbonne (responsabili: proff. Jocelyn Benoist, Aldo Brancacci e Gianna Gigliotti); 7. Università di Jena, Leiden e Lovanio (responsabile: prof. Daniela Taormina); 8. Alexander von Humboldt Stiftung, Bonn (responsabile: dott. Lorenzo Perilli; Prof. Massimo Ferrari); 9. Ecole Normale Supérieure, Parigi (responsabili: prof. Aldo Brancacci); 10. Scuola Normale Superiore di Pisa (responsabile: prof. Claudio Cesa); 11. Fondazione Lorenzo Valla (responsabile: prof. Marta Cristiani); 12. Enciclopedia Filosofica di Gallarate (proff. Gianfranco Dalmasso e Pietro De Vitiis); 13. Ludwig Boltzmann Institut für Wissenschaftsforschung, Graz (prof. Arturo Carsetti); 14. Accademia Nazionale dei Lincei (prof. Margherita Isnardi Parente).